1956년 3월 지금의 박물관 별관건물이 준공되어 64년 5월에 개관하였다. 이후 1994년 3월 구음악관을 개조하여 전시실 1,2층을 개관하여 현재까지 이른다. 전시유물로는 1층(종합전시실) 총656점, 2층(기획전시실-가야문화전시실) 총378점 등 총 1034점이 전시되어 있다. 이 곳은 시대별로 유물들을 전시해 놓았으며, 부산대학교 박물관의 유물 중 동래 복천동에서 수집된 유물들이 가장 많이 전시되어 있다. 박물관은 1층 종합전시실과 2층 기획전시실로 나뉘어 있으며 1층은 우리나라에 사람이 살기 시작한 구석기 시대부터 조선시대에 이르기까지의 역사를 유물을 통하여 통시대적으로 개관하고 있다. 2층은 직접 조사한 가야 시대의 유적과 유물을 중심으로 가야 문화를 전반적으로 조명하기 위하여 부분마다 주제를 정해 체계적으로 전시하였다. 그 밖에도 초청강연회와 유적탐방, 비디오 상영회, 도서 및 영상자료 대여를 하고 있다.